A、搭乘“天宫一号”的实验种子，其遗传物质发生了改变，属于遗传的变异．符合题意．

B、肌肉发达是由于经常参加锻炼而引起的，是由环境因素决定的，遗传物质没有发生改变，属于不遗传的变异．故不符合题意．

C、水肥充足而生长较好的水稻，遗传物质没有发生改变，不能遗传给后代，属于不遗传变异．故不符合题意．

D、常晒太阳，皮肤变黑，是环境影响产生的变异，遗传物质没有发生改变，因此是不可遗传的变异．不符合题意．

故选：A．