X射线可能是引起基因突变的主要因素，用X射线处理青霉菌，可能使基因的结构发生改变；改变农作物栽培的地理环境，可能会导致生物的性状发生变异，但遗传物质不会发生变化；用两个不同品种进行杂交导致的是基因的重组，不会使基因的结构发生变化；用药物处理甜菜幼苗使其含糖量增加，可诱发染色体变异，使染色体数目发生改变，也不会导致基因结构的改变．因此选项中最可能使基因的结构发生改变的是用X射线处理青霉菌．

故选：A