菜豆种子的结构包括种皮和胚（胚根、胚轴、胚芽、子叶，）；玉米种子的结构包括种皮、果皮和胚（胚根、胚轴、胚芽、子叶），还有胚乳．由此可见菜豆种子和玉米种子都有的结构是种皮和胚（或种皮和胚根、胚轴、胚芽、子叶）．

故选：D．