种子的萌发的外界条件为适量的水分、适宜的温度和充足的空气；自身条件是有完整而有活力的胚及胚发育所需的营养物质，不在休眠期等．因此沉睡千年的古莲子仍能发芽是因为地层中缺乏的萌发条件是①水分②空气③适宜的温度，C正确．

故选：C