答案：B

解：分析该兴趣小组设置的实验方案可以发现，在该实验中出现了两个变量：温度和水分，这样，我们就不能确定实验结果的不同是由温度引起的，还是由水分引起的．该兴趣小组要探究的是种子的萌发与水分的关系，因此应以水分为变量设置对照实验，温度的条件应该相同，即设计中的不妥之处是温度．

故选B．

点评：实验中，控制变量和设置对照实验是设计实验方案必须处理好的两个关键问题．