A、“人体的体细胞中若多一条21号染色体，将表现为先天愚型”中，先天性愚型是由染色体数目发生改变引起的，染色体中含有遗传物质．故此选项不符合题意；

B、“用高秆抗锈病的水稻与矮秆不抗锈病的水稻杂交，培育出了矮秆抗锈病的品种”中，矮秆抗锈病的品种的培育是两种水稻杂交获得，杂交是基因的重组，属于遗传物质的改变．故此选项不符合题意；

C、“水毛莨（一种水生植物）伸出水面和长期浸没水中的叶片形状不一样”中，叶片形状的不同，是由于是否露出水面条件不同引起的，不是由遗传物质决定的．故此选项符合题意；

D、“有酒窝的一对夫妇，生了一个无酒窝的女婴”中，酒窝的有无属于相对性状，性状是由基因决定的，属于遗传物质的改变．故此选项不符合题意．

故选：C