A、沉降是指大的颗粒沉降的底部的过程，没有新的物质生成，属于物理变化，故A错；

B、过滤是将不溶于液体的固体和液体分离的一种方法，没有新的物质生成，属于物理变化，故B错；

C、消毒杀菌是加入消毒剂与细菌发生反应，使蛋白质变性，达到杀菌的效果，故属于化学变化，故C正确；

D、蒸馏只是将水由液态变为气态，又冷凝成液态的过程，只是三态发生了变化，属于物理变化，故D错．

故选C．