答案：D

题目分析：种子A和B相比，A没有水，而B在水面有少量的水能萌发，可以形成对照实验，种子C和B相比，C浸没在水中与空气隔绝，因缺少空气而不能萌发，而B在水面有少量的水和充足的空气能萌发，可以形成对照实验，但是实验过程中1粒种子发不发芽具有偶然性，这一粒种子可能已经不具有完整而有活力的胚及供胚发育所需的营养物质或过度休眠等，只用1粒种子实验结果就不准确，可信度不高，因此放入的种子越多实验就越准确，故该实验中存在的问题是种子太少具偶然性，故选D。