A、光合作用时，植物利用光能把水和二氧化碳合成有机物和氧气，属于化学变化．

B、矿石粉碎的过程中，只是矿石的形状发生了变化，没有新物质生成，属于物理变化．

C、牛奶变酸的过程中，有机物发酵生成了显酸性的物质，属于化学变化．

D、煤燃烧时能生成二氧化碳等物质，属于化学变化．

故选：B．