答案：B

题目分析：萌发的绿豆种子进行呼吸作用的实质是：利用氧气分解有机物，并释放出二氧化碳和能量。上述实验装置中的绿豆种子进行呼吸作用会产生二氧化碳，由此看来，绿豆种子进行光合作用的原料是有机物和氧气，而不需要清水，向瓶内注入清水的目的是，将瓶内的气体挤入试管，选项B符合题意。