A、我们吃番茄使用的是它的果实，由上面的分析可知其是由受精后的子房发育来的．正确不合题意．

B、我们食用的苹果主要吃的是果肉即果皮的一部分，而果皮是由子房壁发育来的．受精卵将来发育成植物的种子．错误，故符合题意

C、豆腐是利用大豆的营养物质制作而成的，而大豆的营养物质主要储存在两片肥厚的子叶中．故正确不合题意．

D、面粉来自于小麦的营养物质，而小麦的营养物质储存在胚乳中．故正确不合题意．

故选：B