（1）菜豆种子由种皮和胚两部分组成，种皮质地坚硬，具有保护作用，胚是种子的主要结构．

（2）胚由⑤胚芽、④胚轴、③胚根和②子叶组成，种子在萌发过程中先吸收水分，体积膨大，种皮胀破．同时，胚内的生命活动活跃起来，从子叶得到营养物质和能量后开始分裂和生长：胚根伸长突出种皮，发育成根，不久，从这条根的周围又生出一些细根；此后胚芽发育成茎和叶、胚轴发育成连接茎与根的部分，可见胚是一个幼小的植物体．

（3）大豆种子的营养主要贮藏在[②]子叶里．玉米、小麦种子属于单子叶植物种子，由种皮、胚和胚乳组成，的营养贮藏在胚乳中．

故答案为：（1）种皮；胚；

（2）胚；⑤；胚芽；④；胚轴；③；胚根；②；子叶

（3）②；子叶；胚乳