A、菜豆属于双子叶植物，种子结构包括种皮和胚，胚包括胚根、胚轴、胚芽、子叶．其中种皮具有保护作用；胚芽最终发育成茎和叶；A错误；

B、子叶中储存着大量的营养物质；B正确；

C、胚轴最终发育成连接茎和根的部分；C错误；

D、胚根最终发育成幼苗的主根；D错误．

故选：B．