参考答案：B, C, E

解析：物流成本管理系统有三个层次：①物流成本核算层，其主要工作包括明确物流成本的构成内容、对物流总成本按一定标准进行分配与归集核算、明确物流成本核算的目的；②物流成本管理层，在物流成本核算的基础上，采用各种成本管理与管理会计方法，来进行物流成本的管理与控制；③物流成本效益评估层，指在物流成本核算的基础上，再进行物流系统对企业收益贡献程度的评价，并进行物流系统经济效益的评估。