根据题意可知，

（1）如果1、2号箱中其中有一个钥匙是1、2号箱的．有4×2×2=16种情况，并且是循环排列，例如，1号箱是1，2号箱是3，接下来3号箱子就只能是4，5，6，不能是2．当3号箱是4时，4号箱就只能是5，6，因此每种情况就有3×2=6种“好”方法．

则共有“好”方法：16×6=96（种）．

（2）如果1、2号箱中的钥匙其中一个也没有是1、2号箱的．

有4×3=12种情况，每种情况有8种“好”方法，例如前面是3，4，如果3号箱是5，那么6就可以在4号箱和5号箱，有2×2=4种；如果3号箱是6，那么5就可以在4号箱和6号箱，有2×2=4；如果3号箱是1或2，也4种，即共4×3=12种．

则共有“好”方法：12×12=144（种）

综合起来就共有“好”方法：96+144=240（种）．

答：共有240种“好”方法．

故选D．