参考答案：（1）主体工程区穿堤建筑物涵闸拆除后的堤坡：选择当地适生树草种，提高绿化面积。

（2）弃土场对于弃土场边坡防护可采取灌、草结合的方式种植灌木；对于弃土场顶面防护可采取复耕还田措施。

（3）临时施工占地区施工临时弃土防护措施：临时堆土场表面覆盖塑料薄膜或草苫覆盖物以防止水土流失的发生。对其他零星弃土，尽可能回用，并对占用的土地恢复原有功能或地貌。施工临时占地区防护措施：在施工区及生活区周围布设挡板。临时占地区使用完毕后，施工单位须将地表建筑物全部拆除，并进行场地清理，复耕还田。对施工临时占压的沟道，恢复原貌及原有排水功能。进行土地平整和景观恢复，并考虑种草绿化，以防止复耕前产生水土流失隐患。