A、藻类植物、苔藓植物、蕨类植物、裸子植物等绿色植物都能进行光合作用，所以，能进行光合作用不是被子植物的主要依据．不符合题意．

B、被子植物的花蕊有的被花冠包被着，有的不被包被着，因此，这点不是被子植物的主要依据，不符合题意．

C、蕨类植物、裸子植物、被子植物都有根、茎、叶的分化，因此，这点不是被子植物的主要依据，不符合题意．

D、被子植物的种子外有果皮包被着，能形成果实．裸子植物的种子外无果皮包被着，裸露，不能形成果实，藻类植物、苔藓植物、蕨类植物无种子．可见种子外有果皮包被着可以作为被子植物的主要依据．符合题意．

故选：D