答案：C

化学变化是指有新物质生成的变化，物理变化是指没有新物质生成的变化，化学变化和物理变化的本质区别是否有新物质生成；从分子的角度分析，由分子构成的物质在发生物理变化时，物质的分子本身没有变化；由分子构成的物质在发生化学变化时，它的分子起了变化，变成了别的物质的分子．

A、加热后分子运动速度加快，分子本身没有变化，没有新分子生成，是物理变化，故选项错误．

B、分子间的间隔变小，分子本身没有变化，没有新分子生成，是物理变化，故选项错误．

C、分子改变，由一种分子变成了另一种分子，说明有新分子即新物质生成，属于化学变化，故选项正确．

D、分子是不断运动的，一种物质的分子运动到另一种物质的分子中间去了的过程中，没有新分子生成，属于物理变化，故选项错误．

故选C．