答案：C

A.乌云化雨只是水的状态发生了改变，是物理变化；B.石油分馏是利于各物质的沸点不同，将石油各成分分离，属于物理变化；C.蜡烛成灰是蜡烛不充分燃烧时生成的碳黑，物质种类发生了改变，是化学变化；D.木已成舟只是木材的形状发生了改变，属于物理变化。故答案为C。