被子植物的主要特征是：具有根、茎、叶、花、果实、种子六种器官，种子不裸露，外面有果皮包被；裸子植物的主要特征是：具有发达的根、茎、叶，种子裸露，没有果皮包被，裸子植物没有花、果实这两个器官；苔藓植物也有茎叶的分化，蕨类植物有了根茎叶．因此被子植物与裸子植物最主要的相同特征是都种子．

故选：A