A、苹果树为乔木不是灌木；银杏树为乔木，不是苹果树与银杏树的最根本的区别，A错误；

B、苹果树的叶形为卵圆形；银杏树叶为心形不是披针形，不是苹果树与银杏树的最根本的区别，B错误；

C、苹果树的根、茎、叶发达；银杏树的根、茎、叶发达，不是苹果树与银杏树的最根本的区别，C错误；

D、苹果树的种子不裸露，有果皮包被；而银杏树的种子是裸露的，无果皮包被，是苹果树与银杏树的最根本的区别，D正确．

故选：D．