参考答案：A, B, C, D, E

解析：物流系统中存在的制约关系有：物流服务和物流成本间的制约关系；构成物流服务子系统功能之间的约束关系；构成物流成本的各个环节费用之间的关系；各子系统的功能和所耗费用的关系等。这种制约关系又称为二律背反原理。仓储费用和运输费用之间的制约关系属于构成物流成本的各个环节费用之间的制约关系，也是物流系统中的制约关系。