参考答案：

主要来自大豆和小麦生长与贮藏期间所使用的杀菌剂、杀虫剂等农药残留或使用原料豆粕、麸皮可能有部分霉变、生虫、夹杂物、农药残留超标；豆粕、麸皮蒸熟时间过短或温度过低，而导致蛋白质变性不够，不利于酶的分解、淀粉糊化，原料上的杂菌不易被杀灭；蒸熟后冷却、散凉时间过长易使蛋白质出现腐败现象，产生对人体健康有害物质；种曲质量、接种温度和数量、均匀度可能影响产品的卫生质量；

制曲和发酵过程中的杂菌危害、黄曲霉可能造成的黄曲霉素危害和成品酱油中超标微生物危害等；生产过程中使用食品添加剂（如苯甲酸钠，山梨酸钾）、清洁、消毒剂（洗洁精、二氧化氯）等；加工所需食盐、焦糖色素的质量可能影响产品的卫生质量；设备、容器、管道最好用不锈钢等防腐材料；包装材料不符合卫生要求可引起化学性污染。