参考答案：C

解析：天然土壤中常含有的致病微生物为破伤风梭菌和肉毒梭菌。备选答案中A和B为肠道致病菌，一般不常在天然土壤中；D金黄色葡萄球菌是在物体表面和空气等常见的致病菌，不是正确答案；E噬菌体也不是天然土壤中的致病菌。因此，C破伤风梭菌是唯一正确答案。