（1）咸菜晾干后，表面会出现一层盐霜的原因是：咸菜中含有盐当水分蒸发后会有盐析出；

（2）蜡烛燃烧会有黑烟生成，原因：蜡烛中含有碳元素不完全燃烧生成炭黑；

（3）久未开启的菜窖底部二氧化碳的浓度大，原因：菜窖中植物缓慢氧化作用生成二氧化碳，且密度比空气大所以含量高．

故答案为：（1）咸菜中含有盐当水分蒸发后会有盐析出；

（2）蜡烛中含有碳元素不完全燃烧生成炭黑；

（3）菜窖中植物缓慢氧化作用生成二氧化碳，且密度比空气大所以含量高．