答案：D

题目分析：A、大豆种子萌发时，图中④子叶提供营养物质，A正确；

B、豆芽菜可供食用部分主要由图中①胚轴发育而来，B正确；

C、⑥胚是大豆种子的主要部分，又是新植物体幼体，C正确；

D、大豆种子与玉米，水稻种子相比，玉米，水稻种子中没有胚乳，⑥是胚，大豆种子和玉米种子都有，D错误；

故选：D。