（1）高茎碗豆（Dd）和矮茎碗豆（dd）杂交，其遗传图解如图所示：因此基因组成为Dd的高茎碗豆和矮茎碗豆（dd）杂交，子代表现的性状是高茎和矮茎的豌豆一样多．子代高茎豌豆所占百分比为50%．

（2）变异是指亲代间和子代个体间的差异，根据变异是否可以遗传，分为可遗传变异和不可遗传变异，遗传物质改变引起的变异属于可遗传的变异，仅由环境因素引起的变异属于不可遗传的变异．将基因组成DD的高茎豌豆种在贫脊的土地上，也会长出矮茎的豌豆，说明性状的表现不仅取决于遗传物质，还与环境有关．

（3）生物学家在对植物进行分类时，要仔细观察植物的形态结构，如被子植物的根、茎、叶、花、果实和种子的形态结构，从这些器官中发现它们共同的或不同的特征，从而确定它们的亲缘关系，在被子植物中，花、果实和种子往往作为分类的重要依据，因为花、果实和种子等生殖器官比根、茎、叶等营养器官在植物一生中出现得晚，生存的时间比较短，受环境的影响比较小，形态结构也比较稳定．

故答案为：（1）Dd   50%      （2）环境   （3）豌豆的形态结构或（花、果实、种子）