A．氢指分子还是原子，不明确，故A错误；

B．水分子是微观离子，所以可以用物质的量来衡量，故B正确；

C．铁钉是宏观物质，所以不能用物质的量来衡量，故C错误；

D．西瓜是宏观物质，所以不能用物质的量来衡量，故D错误；

故选B．