设等腰三角形的腰长为l，底长为a，根据等腰三角形的性质得，S=2l+a；

①、当l=3时，可得，a=7；则3+3＜7，即2l＜a，不符合题意，舍去；

②、当a=3时，可得，l=5；则3+3＞5，符合题意；

所以这个等腰三角形的底边长为3．

故选B．