对于A，长方体是四棱柱，在六个表面中有三对面相互平行，故A错误；

对于B，∵正棱柱的底面是正多边形，且是直棱柱，

∴底面是正方形的直四棱柱是正四棱柱，正确；

对于C，正棱台的底面是正多边形，且棱台之侧棱延长后的交点在两底面的射影均为正多边形的中心（或用平行于底面的平面去截正棱锥，截面与底面之间的部分为正棱台），故C错误；

对于D，正四棱锥的底面是正方形，且棱锥顶点在底面的射影为正方形的中心，故D错误；

综上分析，判断正确的是B．

故选：B．