（1）过氧化钠是由钠离子和过氧根离子构成；1molNa₂O₂中含有的离子数为3N_A，故（1）错误；

（2）6.0克SiO₂晶体物质的量为0.1mol，一个二氧化硅含有4个Si一O键，0.1mol结构中含有0.4N_A 个Si一O键，故（2）错误；

（3）常温常压下，3.2克O₃中氧元素的物质的量为0.2mol，所含原子数为0.2N_A，故（3）正确；

（4）标准状况下，2.24LCl₂物质的量为0.1mol；氯气和氢氧化钠反应是氯气自身氧化还原反应，氯元素化合价从0价变化为-1价和+1价，与氢氧化钠完全反应转移电子0.1N_A，故（4）错误；

（5）7.8克Na₂O₂物质的量为0.1mol，与CO₂完全反应转移电子0.1N_A，故（5）错误；

（6）2克NO₂物质的量=

2g

46g/mol

；44克N₂O₄的物质的量=

44g

92g/mol

，混合气体所含原子数=

2g

46g/mol

×3+

44g

92g/mol

×6×N_A=3N_A．故（6）正确；

综上所述：正确的是（3）（6）；

故选A．