基因是指染色体上决定生物性状的最小的DNA片段；性状是指生物的形态特征，生理特性和行为方式．性状是由基因控制的．

羊、牛、马新陈代谢方式与性状无关；羊、牛、马消化和吸收功能与性状无关；羊、牛、马的细胞大小和形状不同不能决定羊、牛、马的性状；羊、牛、马细胞中染色体上的决定肉质的基因不同．所以羊、牛、马的肉质不同．因此吃了相同的食物，却长出了不同的羊肉、牛肉、马肉，其根本原因是它们细胞中染色体上的基因不同．

故选：D．