等位基因（allele又作allelomorph）一般指位于一对同源染色体的相同位置上控制着相对性状的一对基因．若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说成为纯合子．若两个等位基因各不相同，则该个体对该性状来说是杂合子．EE、ee是成对的等位基因中两个成员完全相同的纯合体；Ee是成对的等位基因中两个成员完全相反的杂合体；Ef在同一对染色体上的位置不同，不是等位基因．因此属于等位基因的是EE、ee、Ee．

A和B或a和b是位于同一条染色体上，不是位于同一对染色体上；a和B在同一对染色体上的位置不同；A和a，或B和b是在同一对染色体上，且位置相同，因此是等位基因．

故选：C