答案：B

题目分析：考查定语从句和表语从句。本题第一空why引导定语从句，修饰先行词the reason；当先行词是reason，且后面的定语从句很完整的时候，使用关系副词why；第二空是that引导的表语从句，that在句中不充当任何成分，只起引导作用。句意：他迟到的原因是他起床晚了。故B正确。

点评：要注意定语从句中的一些特殊的用法，当先行词是reason，且后面的定语从句很完整的时候，使用关系副词why；关于表语从句，要注意连接词在句中的功能。