A、由分析知，水蜜桃果肉和种子的遗传物质是不同的，水蜜桃是杂交出来的，其种子一般不能再结水蜜桃，因为杂交是由父本和母本的两条单链DNA或RNA的碱基配对，即父本和母本通过不同的基因型的个体之间的交配而取得某些双亲基因重新组合的个体，A正确；

B、水蜜桃种子种下后，很多年以后，桃树上并不是水蜜桃，是遗传物质发生改变引起了变异，B错误；

C、桃树接受了昆虫带来的其它品种的花粉，只能完成受精结出果实，C错误；

D、由题干可知，桃树上不是水蜜桃的原因不是基因重组或者基因突变，D错误．

故选答案A．