元素是具有相同核电荷数（即核内质子数）的一类原子的总称，不同种元素最本质的区别是核电荷数（即核内质子数）不同，所以决定元素的种类的是核电荷数（即核内质子数）．

A、决定元素的种类的是核电荷数（即核内质子数），不是最外层电子数，故选项错误．

B、决定元素的种类的是核电荷数（即核内质子数），不是电子数，故选项错误．

C、决定元素的种类的是核电荷数（即核内质子数），不是中子数，故选项错误．

D、决定元素的种类的是核电荷数（即核内质子数），故选项正确．

故选D．