A、如果两种粒子同属于同一种元素，则它们原子核中的质子数一定相同，符合定义．正确．

B、如果两种粒子含有的质子数相同，如H₂O和HF质子数都是10，但是不属于同种元素．错误．

C、由同种元素组成的单质，如金刚石和石墨都是碳元素形成的单质，物理性质就有很大差异．而氧气和臭氧都是氧元素组成的，无论物理性质还是化学性质都有很大差异．错误．

D、如果两种粒子含有的电子数相同，如钠离子和氟离子都是十个电子，但是却不是同种元素．故错误．

故选A．