A、具有相同质子数的微粒不一定属于同一种元素，例如，钠原子与铵根离子的质子数都是11，不属于同一种元素，故A错误；

B、由元素的定义可知，元素是具有相同质子数的同类原子的总称，原子核是由质子和中子构成，核内的中子数不一定相同，故B错误；

C、由元素的定义可知，质子数决定元素的种类，一种元素变成另一种元素，一定变化的是质子，故C正确；

D、由质量守恒定律可知，化学变化的过程中元素的种类不会发生变化，故D错误．

故选C．