答案：B

题目分析：牛和羊细胞中染色体上的决定肉质的基因不同。所以羊、牛、马的肉质不同。因此吃了相同的食物，却长出了牛肉和羊肉味道不同，其根本原因是它们细胞中染色体上的基因不同

A．但牛肉和羊肉的味道不同的直接原因是蛋白质分子结构不同，故A不符合题意；

B．基因控制生物的性状。牛肉是牛细胞内的决定牛肉的基因控制的，羊肉是羊细胞内的决定羊肉的基因控制的 ，所以 DNA分子结构不同是直接原因，故B符合题意。

C．不同生物染色体数目不同 ，不是根本原因，故C不符合题意；

D．新陈代谢方式不同不会影响肉质，故D不符合题意。