元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，决定元素种类的是质子数（即核电荷数），一种元素与另一种元素的最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同．

A、一种元素与另一种元素的最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，不是相对原子质量，故选项错误．

B、一种元素与另一种元素的最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，不是中子数，故选项错误．

C、一种元素与另一种元素的最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，故选项正确．

D、一种元素与另一种元素的最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，不是最外层电子数，故选项错误．

故选C．