A、水分子、氨分子、氖原子等具有相同的质子数是10，但不属于同种元素，故选项说法错误．

B、水分子、氨分子等具有相同的质子数是10，但它们不是同一种原子，故选项说法错误．

C、钠离子和铵根离子的质子数都是11，则可能是两种离子；所以B说法错误；再如水分子和氖原子具有相同的质子数（均是10），则可能是一种分子和一种原子；故选项说法错误．

D、综上所述，具有相同质子数的粒子，可能为分子、原子、离子，不能确定，故选项说法正确．

故选D．