A、100℃时水的Kw=1×10^-12，可知水中H⁺和OH^-的浓度为10^-6mol/L，但不知道水的体积，无法计算H⁺和OH^-离子数目，故A错误；

B、HCl是强电解质，在水溶液中完全电离为氢离子和氯离子，不存在HCl分子，故B错误；

C、pH=1的H₂SO₄溶液中c（H⁺）=0.1mol/L，根据分子式H₂SO₄可知，c（SO₄^2-）=0.05mol/L，1LpH=1的H₂SO₄溶液中含有的SO₄^2-数目1L×0.05mol/L×N_Amol^-1=0.05N_A，故C正确；

D、若1molN₂和3molH₂完全反应，则生成2molNH₃，2N_A个NH₃，由于反应为可逆反应，N₂和H₂不能完全反应，所以生成的NH₃数目小于2N_A，故D错误．

故选：C．