答案：B

题目分析：小明爸爸是双眼皮（Aa），不明妈妈单眼皮（aa），可以确定双眼皮是显性性状，单眼皮是隐性性状。那么如果小明是单眼皮，他的基因组成一定是aa，因为只有两个隐性基因同时存在时，才能表现隐性性状，选项B符合题意。