元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，不同种元素最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同，所以氢元素和氦元素的本质区别是质子数（即核电荷数）不同．

A、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氦元素最本质的区别是质子数不同，故选项正确．

B、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氦元素最本质的区别是质子数不同，不是中子数不同，故选项错误．

C、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氦元素最本质的区别是质子数不同，不是最外层电子数不同，故选项错误．

D、决定元素的种类的是质子数（即核电荷数），氢元素和氦元素最本质的区别是质子数不同，不是核外电子数不同，故选项错误．

故选A．