A、氢气中没有氧元素，故A错误．

B、水中只含水分子，没有氢分子；故B错误．

C、氢气是由氢元素组成；水是由氢元素和氧元素两种组成；两种物质中都含有氢元素；故C正确．

D、氢气和水都是宏观概念，而原子是微观概念；只能说一个氢分子和一个水分子中含有两个氢原子；故D错误．

故选C．