A、加碘食盐、高钙牛奶中的“碘”和“钙”存在于无机盐中，则指的是元素，故A正确；

B、原子不能单独存在于物质中，也并不符合题意，故B错误；

C、不存在钙分子，存在碘分子但不利于吸收，故C错误；

D、加碘食盐中的碘是以碘酸钾存在的，不能以单质存在，单质不利于人体吸收，故D错误；

故选A．