答案：C

题目分析：植物的果实是由子房发育来的，种子是由子房内的胚珠发育来的，种子内的胚是由受精卵发育来的，因此将红色果皮（基因组成为WW）辣椒的花粉人工传粉到黄色果皮（基因组成为ww）辣椒柱头上，所结果实的果皮基因组成仍然是ww，果皮的颜色也仍然是黄色，但是种子的胚的基因组成发生了变化：其控制种子的基因来自于红色辣椒的花粉和黄色辣椒花的胚珠，即Ww，故选C。