参考答案：B

解析：在侦查阶段，发现犯罪已过追诉时效，符合《刑事诉讼法》第15条第2项的规定，犯罪已过追诉时效期限的，应当撤销案件，B项正确；C、D项错误。案件处于侦查阶段而非审查起诉阶段，故A项错误。