同温、同压、同体积的两个容器，一个装有CH₄，另一个装有NH₃，二者的分子数目相同，物质的量相同，

A、CH₄是5原子分子，分子含有4个H原子，当二者分子数相等时，含有原子总数一定不相等，二者含有原子总数之比为5：4，故A错误；

B、CH₄分子含有4个H原子，NH₃是分子含有3个H原子，当二者分子数相等时，H原子数一定不相等，二者H原子数目之比为4：3，故B错误；

C、在同温同压下，相同体积的任何气体含有相同的分子数，故CH₄与NH₃分子数相同，故C正确；

D、CH₄与NH₃的物质的量相同，二者摩尔质量不同，质量一定不相等，二者之比等于摩尔质量之比为16：17，故D错误；

故选C．