A、相同条件下，N₂和O₃的混合气体与等体积的N₂的物质的量相同，则分子数相同，但N₂和O₃的分子组成原子数目不同，则所含原子数不等，故A错误；

B、一个甲基含有的电子数为：6+3=9，一个羟基含有的电子数为：8+1=9，等物质的量时所含电子数相同，故B正确；

C、常温常压下气体的V_m≠22.4L/mol，22.4LO₂不等于1mol，常温常压下28gCO与22.4LO₂所含分子数不等，故C错误；

D、16gCH₄的物质的量为

16g

16g/mol

=1mol，含质子的物质的量为10mol，18gNH₄⁺的物质的量为

18g

18g/mol

=1mol，含质子的物质的量为11mol，所含质子数不等，故D错误．

故选B．